La ceremonia, a la que asistió por primera vez el nuevo rector, José Ramón Alonso, comenzó con la reunión de los doctores para tomar el traje académico compuesto por la toga, la muceta y el birrete, impregnados todos ellos del olor a incienso que se propaga por las distintas dependencias del edificio histórico.La secretaria general, Ana Belén González Rogado, designó, por encargo del rector, a los doctores que han de llevar las varas del palio -una especie de cetro- y han de reconocer el copón donde se porta el incienso, antes de ser depositado en el monumento situado al lado del altar de la capilla de la Universidad.A la señal del maestro de ceremonias se puso en marcha el cortejo, precedido por los maceros, catedráticos encargados de abrir el desfile, y en el que los doctores forman por el orden tradicional de las Facultades.
Primero desfila la Facultad de Medicina, seguida de Derecho, Ciencias y Filosofía y Letras, mientras que el rector y los concelebrantes ocupan el último lugar.Los oficios alternaron cánticos y lecturas en latín y en español a cargo de los doctores.La universidad salmantina, institución eclesiástica desde 1218 hasta mediados del siglo XIX, ejerció así el centenario privilegio concedido a sus miembros para que pudieran cumplir con la Pascua, no en la parroquia de la ciudad en la que vivían, sino en la institución misma.Se trata de un antiquísimo rito de esta liturgia, en la que también, aunque de tradición más reciente, se realiza una ofrenda a los pobres escenificada con monedas del siglo XVII y testimonios de la obra social de la Universidad.
Terminado el acto, la Universidad invitó a una merienda a base de chocolate, agua de azucarillo y dulces, tradición que antiguamente consistía en un desayuno con esos mismos componentes que aliviaba a los asistentes en tiempos de riguroso ayuno eucarístico, agravado por la rígida observancia de los preceptos de la Cuaresma.Otra de las peculiaridades que lleva aparejada esta tradición es que durante toda la tarde del Jueves Santo el gran portón de la Universidad permanece entornado.En la capilla una placa de mármol atestigua, en latín, la presencia de Franco en los oficios celebrados en 1937, cuando, un año después del alzamiento y en plena Guerra Civil, éste tenía su acuartelamiento en Salamanca.